Die Startup-Sequence ist ein Text-Skript, das während des Amiga-Bootvorgangs automatisch ausgeführt wird und sich im S:-Verzeichnis als "Startup-Sequence" befindet. Sie enthält AmigaDOS-Befehle zur Systeminitialisierung, zum Laden von Gerätetreibern, zum Einhängen von Dateisystemen und zum Starten der Workbench-Oberfläche. Benutzer können diese Datei bearbeiten, um ihre Boot-Konfiguration anzupassen, Startprogramme hinzuzufügen oder Systemeinstellungen vor dem Laden der grafischen Umgebung zu ändern.